space
space
titile
space
space
space
components arrow resutl_page
page1b page2 page3b page4b page5b page6b page7b page8b page9b page10b page11b page12b page13b page14b page15b
space
space
space
page1b back 統計解析結果ページ概要2 next page3b
space
overview image
A. 概要
ゲノム配列長、CpGサイトの数、入力されたバイサルファイト配列の数、除外されたバイサルファイト配列の数等の情報が示されます。
B. 統計的な情報
各CpGサイトについてのメチル化されていたCpGの割合とともに、2つのグループ間でのメチル化の状態の違いの統計的な有意性(p-value)が示されます。
フィッシャーの正確確率検定
各CpGサイトについてのメチル化割合が2つのバイサルファイト配列のグループ間で異なっているかどうかの統計的有意性を、フィッシャーの正確確率検定で求めています。 フィッシャーの正確確率検定は2つのカテゴリーのデータが関連しているかどうかを検定するためのノンパラメトリックな統計手法です。 (メチル化の偏りが偶然で生じ得る確率が求められます。) 詳細はこちらをご覧ください。
マン・ホイットニーのU検定
領域全体のCpGのメチル化の割合について、2つのバイサルファイト配列のグループ間で異なっているかどうかの統計的有意性を、マン・ホイットニーのU検定で求めています。 マン・ホイットニーのU検定は、分布した2群のデータ間の独立性を検定するためのノンパラメトリックな統計手法です。 (2群それぞれのメチル化割合の平均値の違いが偶然で生じ得る確率が求められます。) 詳細はこちらをご覧ください。
どちらの統計手法でも、メチル化のパターンの違いは考慮されません。 また、インプリンティングのようなアレル特異的なDNAメチル化の違いは検出できません。 (具体的には、(1)ランダムな50%のメチル化、(2)0%メチル化と100%メチル化が半分ずつ、の2群を区別できません。)
また、各CpGサイトのメチル化の状態を比較した概要図も表示されます。

Copyright© 2008-2019 RIKEN All rights reserved. space QUMA (QUantification tool for Methylation Analysis) top space close