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QUMA: QUantification tool for Methylation Analysis
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簡単に使えるバイサルファイト配列の解析ツールで、アライメント、
CpGメチル化状態の判定、図の作成といったことが短時間で行えます。

 list  概要と使い方 space  list  クイックスタート space  list  サンプル配列データでの実行 space  list  サンプル配列ファイル
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 list  バイサルファイトPCRのターゲットのゲノム配列のファイルを選択して下さい。
(plain sequenceFASTAまたは GenBank形式の配列ファイルが使用可能です。)
PCRプライマー間のゲノム配列を、 CをTに変換せずに 用いて下さい。
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 list  バイサルファイト配列のファイルを選択して下さい。
(multi-FASTA形式の配列ファイル、または 配列ファイルが入った
 zip形式のアーカイブ(圧縮フォルダ)
が使用可能です。)
シークエンサーからの出力配列をそのまま使用可能です。プラスミドベクター配列の除去は必要ありません。
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 list 解析を再開する場合はQUMAリストアファイル(.qma)を選択して下さい。 space   help
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    What's New
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  • 2014年7月19日、2014年1月16日、2013年4月9日
    • マイナーな変更
  • 2012年10月25日
    • マイナーなバグの修正
  • 2012年8月23日
    • バイサルファイト配列のファイルとしてABI形式のファイル(".ab1"の拡張子を持つ波形データファイル)が使えるようになりました
  • 2012年5月23日
    • バイサルファイト配列の同一性のチェックのオプションを追加しました (上にある「オプションを表示する」をクリックすると現われます)
  • ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が発信している 統合TVに「QUMAを使い倒す」が掲載されています。 QUMAの使い方が動画で解説されていますので、是非ご覧下さい(特に初めてQUMAを使用される方)。
  • 以前のNews
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    サポートしているウェブブラウザー
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以下のウェブブラウザーをサポートしています
  • ファイアフォックス(マック/ウィンドウズ)
  • サファリ(マック)
  • オペラ(マック/ウィンドウズ)
  • インターネットエクスプローラー(IE)6.0以上(ウィンドウズ)(但しIE7、8はバグが多いのでお勧めしません)
IE5.0(ウィンドウズ)、モジラ、ネットスケープ6以上など、多くのブラウザーで問題なく使えると思います。
ただし、MacのIEやネットスケープ4など、古いブラウザーでは正しく表示できない場合があります。
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    連絡先
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  熊木 勇一* & 岡野 正樹
  理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター
  〒650-0047 神戸市中央区港島南町2-2-3
  *現所属: 京都大学大学院医学研究科生体構造医学講座機能微細形態学 〒606-8501 京都市左京区吉田近衛町
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quma@cdb.riken.jp
  までお知らせ下さい。
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最終更新日時:Sat Jul 19 00:30:00 JST 2014 spacer QUMA (QUantification tool for Methylation Analysis) top