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解析のセーブ&リストアができるようになりました。並べ替えやcutoffの状態を含めて解析をファイルに保存できます。
また、データを他の人に送るのにも使えます。 |
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例えば、以下の場合に便利です。
・とりあえず結果を見たけれど、図を作ったりの詳細な解析は論文を書くときに行う。
・論文に用いる図を作った時の解析内容を、そのままの形で残しておきたい。
・データをボスや共同研究者に見せる／渡す場合など。
今後、QUMAに新しい機能を追加する場合でも、今の時点の解析データが開けるように、互換性は保つ予定です。
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Multiple-alignment形式での表示とファイルのダウンロードができるようになりました。臨床データやimprinting geneの解析でアレルの違いをみる場合に便利です。
また、multi-FASTA形式でダウンロードしたファイルはCyMATEなど
他のプログラムのinputとして利用可能です（植物などのnon-CpGメチル化を調べる場合には便利かも）。 |
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細かい話ですが、一般的なmultiple-alignment（ClustalWなどを用いた場合referenceとなるgenomic
sequenceと各bisulfite sequenceが等価に扱わる）ではなく、
pairwise-alignmentをベースにしてmultiple-alignmentを作成しています。そのため、全部の配列間のmultiple-alignmentではなく、
genomic sequenceに対してbisulfite sequenceの位置を調整したmultiple-alignmentになっています。bisulfite sequenceの解析の場合は、
この方法の方が正しいです（と思います）。
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CpGのメチル化率を円グラフ形式で表示できるようになりました。 |
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アレル毎のメチル化のパータンではなくて、多くの種類のサンプルのデータを比較して表示する場合は、
この表示方法が見やすいかもしれません。SVG形式でダウンロードして、Illustrator上で並べたりいじったりするといいと思います。 |
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CpGメチル化パターンの図でCpGの番号を表示できるようになりました。 |
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CpGのポジション（塩基番号）との同時表示もできます。データの確認をする場合には
この表示方法が見やすいかもしれません。 |
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メチル化率の標準偏差（S.D）と
標準誤差（S.E.）が表示できるようになりました。
各バイサルファイト配列間での値と各CpG site間の値の両方を表示しています。 |
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今回の更新内容は、主にBMB2008での発表の際に寄せられたご要望を反映いたしました。他にもご要望等がありましたら
quma@cdb.riken.jpまでお寄せ下さい。 |
