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バイサルファイト配列
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QUMA (QUantification tool for Methylation Analysis) top spacer close
アップロードするバイサルファイト配列のファイルを選択します。または、テキストボックスにゲノム配列をコピー&ペーストで張り付けます。
アップロードするファイルとしては、multi-FASTA形式のバイサルファイト配列のファイルか、バイサルファイト配列ファイルが入ったzip形式のアーカイブ(圧縮フォルダ)が使用可能です。 テキストボックスに張り付けるバイサルファイト配列としては、multi-FASTA形式の配列が使用可能です。
バイサルファイト配列としては、DNAシークエンサーから出力されたファイルをそのまま使用可能で、プラスミドベクターの配列を除去しなくても大丈夫です。
配列グループ名が入力された場合は出力データ中に配列グループ名が含まれるようになりますので、後日データを確認する場合に便利です。(オプション)
multi-FASTA形式のファイルをアップロードする場合、ファイルの形式としては リッチテキスト形式(".rtf"のファイル拡張子)または プレーンテキスト形式テキストファイル のみが使用可能です。例えばマイクロソフトワードのファイルなどバイナリファイルは使用できません。
リッチテキスト形式のファイルは、マックではテキストエディット、ウィンドウズではワードパッドで作成できます。また、ほとんどのワープロソフトでも保存形式を選択することで作成可能です。 プレーンテキスト形式のファイルは、マックではテキストエディット、ウィンドウズではメモ帳で作成可能です。また、一般的なテキストエディタで作成できますし、ほとんどのワープロソフトでも保存形式を選択することで作成可能です。
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アップロード用のサンプルバイサルファイト配列のファイル
   list multi-FASTA形式
   list zip形式のアーカイブ1 (各バイサルファイト配列はplain sequence形式)
   list zip形式のアーカイブ2 (各バイサルファイト配列はFASTA形式)
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コピー&ペースト用のmulti-FASTA形式のサンプルバイサルファイト配列
>Gm9_J1_seq_01
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>Gm9_J1_seq_02
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>Gm9_J1_seq_06
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>Gm9_J1_seq_07
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>Gm9_J1_seq_08
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>Gm9_J1_seq_09
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>Gm9_J1_seq_10
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>Gm9_J1_seq_11
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>Gm9_J1_seq_12
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>Gm9_J1_seq_13
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>Gm9_J1_seq_14
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GCGGTTTGCGTATTGGGCGCTCTTCCGCTTCCTCGCTCACTGACTCGCTGCGCTCGGTCGTTCGGCTGCGGCGAGCGGTA
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GCAAAGGCCAGGAACCGT
>Gm9_J1_seq_15
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GGCTCTCGTGAGATTTCATCCTTAGTCTCGCTCTTTTGTTGTTTTTTTTATAAGATATAGGTTTTTTTTTCGAAAAACCA
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GCACATTCTAGCCCTCCAATTTCTAGGGTTGTGTGAATGTGCCTTTCCACCGATCCGATTTTTAAGAATAGAAGATTTTT
AGATAATCGAAATTGTAGTATTAAAAGTATTATAGTATATATAATTATAAATTTTATGTGTTTTTTAGTTTGTTTAATTT
TTTATTAATCACTAGTGAATTCGCGGCCGCCTGCAGGTCGACCATATGGGAGAGCTCCCAACGCGTTGGATGCATAGCTT
GAGTATTCTATAGTGTCACCTAAATAGCTTGGCGTAATCATGGTCATAGCTGTTTCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCA
CAATTCCACACAACATACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGCCTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCTAACTCACATTAATT
GCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAG
AGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCTCTTCCGCTTCCTCGCTCACTGACTCGCTGCGCTCGGTCGTTCGGCTGCGGCGAGCGG
TATCAGCTCACTCAAAGGCGGTAATACGGTTATCCACAGAATCAGGGGATAACGCAGGAAAGAACATGTGAGCAAAGGCC
AGC
>Gm9_J1_seq_16
CGGAGTCGCATGCTCCCGGCGCATGGCGGCCGCGGGAATTCGATATAAGAGAGTTGAGTTTGGAGAAATTCGATTTTTTA
GTTTTACGTAGTTCGAGGCGGGAAGGTATTATATTATAAATGCGTATGTATACGTGTATTTTGAAGGTTGGGTTTTTTTT
AGTGAGTTTAGAGGTTTTCGTGAGATTTTATTTTTAGTTTCGTTTTTTTGTTTTTTTTTTTATAAGATATAGGTTTTTTT
TTCGAAGAATTATATTCGGAAGCGTGTTATTTAATTTTTATAATAGTGTGCGTGTTTTTTGTAATTTGCGTAGTTTTTAA
TATTATATATATGTATATTTTAGTTTTTTAATTTTTAGGGTTGTGTGAATGTGTTTTTTTATTGATTCGATTTTTAAGAA
TAGAAGACTTTTAGATAGTCGAAATTGTAGTATTAAAAGTATTATAGTATATATAATTATAAATTTTATGTGTTTTTTAG
TTTGTTTAATTTTTTATTAATCACTAGTGAATTCGCGGCCGCCTGCAGGTCGACCATATGGGAGAGCTCCCAACGCGTTG
GATGCATAGCTTGAGTATTCTATAGTGTCACCTAAATAGCTTGGCGTAATCATGGTCATAGCTGTTTCCTGTGTGAAATT
GTTATCCGCTCACAATTCCACACAACATACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGCCTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCTAA
CTCACATTAATTGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCAA
CGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCTCTTCCGCTTCCTCGCTCACTGACTCGCTGCGCTCGGTCGTTCGGCT
GCGGCGAGCGGTATCAGCTCACTCAAAGGCGGTAATACGGTTATCCACAGAATCAGGGGATAACGCAGGAAAGAACATGT
GAGCAAAAGGCCA
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