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バイサルファイト配列の同一性のチェック
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ターゲット領域のバイサルファイト配列が同一の配列が複数存在する場合、一配列のみを使用し、他の同一配列を除外します。
実験に用いたゲノムDNA量が微量の場合、PCRによる過剰な増幅が必要となり、その結果、同一のゲノムDNA分子由来のバイサルファイト配列のクローンを複数シークエンシングしてしまう場合があり、一部の配列による結果がover-representしてしまいます。
ただし、バイサルファイト変換の効率が高く、シークエンシングの質が高い場合は、同一のゲノムDNA分子由来でなくても、バイサルファイト配列が同一になる場合もあります(特に、個々の細胞・アレル間でのメチル化状態の差が少ない、高メチル化状態または低メチル化状態の場合)。全ての細胞・アレルが完全にメチル化されている場合、または、完全にメチル化されていない場合に、バイサルファイト変換が完全に行われて、さらに、シークエンシングエラーが全くなければ、当然、各バイサルファイト配列は同一になります。
このオプションをチェックすると、ターゲット領域の配列が完全に一致するバイサルファイト配列が複数存在する場合に、一配列のみを使用するため、over-represetationを防げます。
スタートのゲノムDNA量が微量の場合以外で、このオプションにより大きく結果が変わる場合は、実験がうまくいっていない可能性もあります。ですので、このオプションの使用には注意が必要です。
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