space
space
QUMA: QUantification tool for Methylation Analysis
space
簡単に使えるバイサルファイト配列の解析ツールで、アライメント、
CpGメチル化状態の判定、図の作成といったことが短時間で行えます。

 list  概要と使い方 space  list  クイックスタート space  list  サンプル配列データでの実行 space  list  サンプル配列ファイル
space
 list  バイサルファイトPCRのターゲットのゲノム配列のファイルを選択して下さい。
(plain sequenceFASTAまたは GenBank形式の配列ファイルが使用可能です。)
PCRプライマー間のゲノム配列を、 CをTに変換せずに 用いて下さい。
space
help
 list  バイサルファイト配列のファイルを選択して下さい。
(multi-FASTA形式の配列ファイル、または 配列ファイルが入った
 zip形式のアーカイブ(圧縮フォルダ)
が使用可能です。)
シークエンサーからの出力配列をそのまま使用可能です。プラスミドベクター配列の除去は必要ありません。
space
help
space
space space space
space
    サポートしているウェブブラウザー
space
space
以下のウェブブラウザーをサポートしています
  • ファイアフォックス(マック/ウィンドウズ)
  • サファリ(マック)
  • オペラ(マック/ウィンドウズ)
  • インターネットエクスプローラー(IE)6.0以上(ウィンドウズ)(但しIE7はバグが多いのでお勧めしません)
IE5.0(ウィンドウズ)、モジラ、ネットスケープ6以上など、多くのブラウザーで問題なく使えると思います。
ただし、MacのIEやネットスケープ4など、古いブラウザーでは正しく表示できない場合があります。
space
space
    連絡先
space
space
  熊木 勇一 & 岡野 正樹
  理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター 哺乳類エピジェネティクス研究チーム
  〒650-0047 神戸市中央区港島南町2-2-3
space
space
space
    What's New
space
space
  • 2008年5月16日   new
  • 2008年5月2日
    • メチル化パターン図作成機能でのCpG位置表示機能を強化しました。
    • バイサルファイト配列を追加・入れ替えて再実行する機能を解析結果画面に追加しました(メチル化状態解析モード)
    • QUMAの論文がNARにアクセプトされました
    • 日本語版のマニュアルとトップページを更新しました。日本語のダウンロードページを作成しました。
    • 日本語版のLiveCD/DVDファイルを公開しました。その他ダウンロードファイルも更新。
    • "Links"セクションを公開しました。"Acknowledgements"セクションは"Reference"セクションに統合しました。
  • 2008年4月21日
    • メチル化パターン図でのCpG位置の間違いのバグを修正
    • 記述の修正
  • 2008年4月17日
    • "ダウンロード"セクションを公開しました
      • QUMAのプログラムソースを公開しました。
      • LiveCD(起動可能なCD)ヴァージョンのQUMAを公開しました(現在は英語版のみで、初期状態ではキーボード配置が異なります。近日中に日本語版も公開予定です)。
    • メチル化パターン図の作成機能に、CpG位置を表示するオプションを追加しました。
    • 配列名で並べ替えるオプションを追加、オンラインヘルプを追加、サイトの構造を変更、 いくつかの記述を変更、マイナーな機能を追加しました。 いくつかの変更点は日本語に反映されていませんが、近日中に更新予定です。 英語版のマニュアルを更新しました。
    • Mann-Whitney U-testの実装方法を変更しました。配列数が20以下の場合は正確確率を求めるようにしました。
  • 2008年3月31日
    • multi-fasta形式のバイサルファイト配列の最終行が除かれてしまう場合があるバグを修正しました。
  • 2008年2月21日   
    • Terms of Useを公開しました。
    • マイナーバグの修正、Acknowledgementsの更新
  • 2008年2月18日
    • 英語版での英文修正、Acknowledgementsの更新
  • 2008年1月30日
    • QUMAのマニュアルを公開しました。
    • 英語版でのスペルミスの修正、Acknowledgementsの更新、Referenceの更新、What's Newの作成
  • 2007年11月29、30日、12月4、5、12、13、14日、2008年1月4、17日に更新しました。
  • 2007年11月23日
    • QUMAを公開しました。
space

CDB spacer
spacer 理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター 哺乳類エピジェネティクス研究チーム
spacer
spacer RIKEN
ご意見、ご感想、不具合情報等ありましたら、ぜひ 
quma@cdb.riken.jp
  までお知らせ下さい。
機能についてのリクエストや使用方法がわからないといった場合でもお気軽にお問い合わせ下さい。
Copyright© 2008 RIKEN Center for Developmental Biology All rights reserved.
最終更新日時:Sat May 17 15:51:38 JST 2008